1951년 8월 1일 민영 일본항공으로 설립된 뒤 1953년 일본항공주식회사법(日本航空株式會社法)에 따라 반관반민의 항공회사로 재발족하였다. 1987년 일본항공주식회사법이 폐지되면서 민영화되었고, 2002년 10월 일본에어시스템과 경영을 통합하고 주식이전을 하여 지주회사인 일본항공시스템(JALS, 지금의 주식회사 일본항공)을 설립하였다.

1년전 경영난으로 파산상태에 직면한 JAL은 창업 당시의 정신으로 되돌아가 도전하는 정신과 결의, 즉 JAL의 원점과 초심을 표현하고 있다고 한다.초심을 잃지않겠다는 JAL의 새로운 다짐으로 초기에 사용하던 츠루마루(鶴丸)를 다시 태어나게 하였다. 로고에 사용된 츠루마루(鶴丸)는 창공에서 아름답게 춤추는 학의 모습을 모티브로 한 것으로 예로부터 일본인의 드높은 정신력과 섬세한 정서를 표현한 것이라고 한다.